Ancien élève de l’École nationale des chartes (archiviste paléographe), Rémi Mathis est conservateur au département des Estampes et de la Photographie de la Bibliothèque nationale de France, et rédacteur en chef de la revue académique française sur l’estampe, les Nouvelles de l’estampe. Il enseigne à l’École des chartes et à l'École du Louvre. Il a été en 2015 co-commissaire de l'exposition A Kingdom of Images (Getty)/Images du Grand Siècle (BnF)
Par ailleurs très impliqué dans les questions de diffusion de la connaissance, notamment par le biais d’Internet, il a été président de Wikimédia France de 2011 à 2014 et est désormais membre de son conseil scientifique.